Connue des peuples autochtones et utilisée principalement comme halte ou comme lieu de passage, l'île Jésus devient une seigneurie alors que le territoire du Québec est colonisé par les Français sous le nom de Nouvelle-France.

En 1636, l'île Jésus est offerte aux Jésuites canadiens à titre de seigneurie, mais demeure inexploitée. Elle passe ensuite aux mains de François Berthelot, conseiller et secrétaire du roi Louis XIV. Ce dernier ne la conserve que 3 ans avant de la céder, en 1675, à François de Montmorency-Laval, évêque de Québec, en échange de l'île d'Orléans. En 1680, l'île est cédée au Séminaire de Québec, qui en demeure seigneur jusqu'à l'abolition du régime seigneurial, en 1854.

Le peuplement de l'île Jésus est amorcé en 1672 à partir de sa pointe est, mais demeure timide jusqu'à la signature de la Grande Paix de Montréal, en 1701, qui met fin à une guerre entre Français et Iroquois.